Доброкачественным считают молоко, имеющее высокие пищевые, биологические, технологические, санитарно-гигиенические свойства, соответствующее техническим условиям, принятым в республике. Молоко высокого качества можно получить только от здоровых коров при условии их полноценного кормления правильного содержания, соблюдения правил доения, первичной обработки молока, ухода за доильными установками и оборудованием. Только в железистой ткани вымени здоровой коровы микроорганизмы отсутствуют, а в молочной цистерне и в сосковом канале имеется их небольшое количество.

Через молоко распространяются такие болезни, как бруцеллез, туберкулез, ящур, сибирская язва, паратиф, дизентерия, брюшной тиф и др. Токсины болезнетворных бактерий не разрушаются при обработке и очень опасны для людей. При высоком содержании микрофлоры в молоке из него нельзя получить высококачественные продукты питания. Микроорганизмы сырого молока условно можно разделить на три группы: полезные для здоровья человека и животных (молочнокислые); вредные для здоровья человека и животных (возбудители заболеваний); ухудшающие гигиенические свойства молока (маслянокислые и гнилостные).

Большинство бактерий хорошо развиваются в нейтральной среде, а плесени и дрожжи — в кислой. Жизнедеятельность микроорганизмов можно регулировать температурой — пастеризовать или охлаждать. В зависимости от температуры, оптимальной для развития бактерий, их делят на три группы: термофильные (температура 45—60 °С) — болгарская, сырная, ацидофильная палочки; мезофильные (25—40 °С) — молочнокислые стрептококки и палочки, кишечная палочка, молочнокислые и пропионовокислые бактерии; психрофильные (5—10 °С) — плесени, гнилостные споровые палочки.