Оптимальные условия хранения сыров: температура 2-8 °С и относительная влажность воздуха 85-87 %. Хорошо созревшие сыры, заложенные на длительное хранение, можно держать при температуре от -1 до -5 °С и относительной влажности воздуха 85-90 %.

Для хранения сыров на складах выделяют отдельные помещения во избежание передачи другим продуктам сырного запаха. Рассольные сыры располагают отдельно от других, учитывая возможность утечки рассола. Хранить резаные сыры без ухудшения качества и снижения массы можно в полиэтиленовой упаковке не более 3 дней.

Сыры поступают в торговые организации созревшими, однако и при хранении на складах, и в магазинах в сырах продолжаются изменения, вызванные биохимическими и химическими процессами в сырной массе, развитием микроорганизмов на корке и воздействием физических факторов на структуру сыра. В результате качество сыра может улучшаться и исчезать недостатки, обусловленные его неполным созреванием. Однако сыры могут перезревать и приобретать излишне острый, иногда прогорклый вкус вследствие накопления излишнего количества продуктов распада белков.